Es esa época existió poblamiento de fauna pleistocénica, como el mamut; así lo han determinado los hallazgos arqueológicos realizados a partir de 1992. La invención de la agricultura ocurrió por el año 7000 a. c. más tarde establecieron las primeras aldeas que dependían de productos agrícolas como el maíz, el chile, el frijol y la calabaza, así como de la caza y de la pesca. Hacía el 3000 a. c. comienza aproximadamente la actividad alfarera: se elaboraban piezas utilitarias para la transportación y almacenamiento de agua y alimentos, aunque los grupos humanos de aquel tiempo pronto empezaron a modelar figurillas humanas que representaban deidades, brujos y personajes femeninos.

A la sombra de la gran cultura teotihuacana, se asentaron en Metepec varios grupos, principalmente Matlatzincas, que lograron un notable desarrollo al finalizar el primer milenio. La cultura matlatzinca alcanzó su esplendor en todo el Valle de Toluca entre los años 1120 y 1450. El Imperio Azteca sometió a los Señoríos matlatzincas hacia 1470. La denominación en lengua náhuatl de todos los pueblos del Valle de Toluca proviene de aquella época. Así, Metepec viene de Metl: maguey, Tepetl: cerro y Co: en. Con lo que Metepec significa: En el Cerro de los Magueyes, Los nombres se imponían basándose en características geográficas y naturales. El Cerro es, pues, el elemento geográfico más importante del Municipio. Se trata de una elevación geológica de origen volcánico, en cuya cúspide los antiguos Matlatzincas celebraban ceremonias propiciatorias y ritos funerarios. A la llegada de los Frailes Españoles, hacia 1526, se pretendió borrar toda huellas de idolatría prehispánica. La fundación católica de Metepec tuvo lugar en dicho año. Se le nombró San Juan Bautista Metepec. Las tierras de Metepec fueron entregadas en encomienda a Juan Gutiérrez Altamirano, primo de Hernán Cortés, por sus servicios prestados en la conquistas del Valle de Toluca.

En 1534 se crea el corregimiento de Metepec, y en 1560 Metepec recibe la designación de Alcaldía Mayor teniendo a 36 pueblos bajo su jurisdicción. En 1569 se inicia la construcción del Convento Franciscano de San Juan Bautista, y en esta misma fecha se establece la Santa Inquisición. La vida en la época de la Colonia abundó en epidemias, construcción de templos, conflicto de tierras, sojuzgamiento, confrontación de ritos y tradiciones. En 1810, al iniciar la Guerra de Independencia, en octubre, Don Miguel Hidalgo y Costilla, pasó por Metepec rumbo a Santiago Tianguistenco, antes de la batalla del Monte de la Cruces; un grupo de lugareños se sumó al ejército insurgente. En 1821 se crea el Municipio de Metepec, categoría política que es ratificada en 1827. En 1848, debido a la invasión norteamericana en el centro de la República, el congreso del Estado de México instaló la sede del gobierno en Metepec de febrero a abril, convirtiendo a Metepec en Capital del estado. Ese mismo año, pero en octubre, Metepec es elevado a la categoría política de Villa. Durante la etapa juarista el municipio es escenario de algunas escaramuzas entre los invasores franceses y numerosos vecinos. Por ese tiempo vivió en Metepec un famoso grupo de bandidos llamado "Los Plateados". También en los años que duro la Revolución Mexicana, Metepec vivió episodios trágicos entre facciones maderistas, zapatistas y carrancistas. En 1900 se inauguró el tren Toluca, Metepec, Tenango y San Juan de las Huertas, que dio servicio al municipio hasta 1940. Hacia la década de 1960 de inició la urbanización en la zona norte del municipio.